L’INAO reste un établissement public dont les instances décisionnelles sont composées majoritairement de professionnels des signes concernés. Il est constitué d’un Conseil permanent et de cinq comités :
- un comité national des vins et eaux-de-vie ;
- un comité national des appellations laitières, agroalimentaires et forestières ;
- un comité national des indications géographiques protégées, labels et spécialités traditionnelles ;
- un comité national de l'agriculture biologique ;
- et, grande nouveauté, d’un conseil agréments et contrôles.
Le comité national des vins est entouré de douze instances régionales, appelées comités régionaux de l'INAO (CRINAO) qui ont le pouvoir d'émettre des avis sur les dossiers qui les concernent.
Dans le cadre de la réforme, le Comité des vins est chargé d'émettre un avis sur la reconnaissance des organismes de défense et de gestion (ODG).