La création du Conseil agréments et contrôles constitue un changement de politique fort dans le cadre de cette réforme. Dorénavant la politique des contrôles, qui jusqu’alors était exercée par chacun des comités nationaux de l'INAO, est dévolue à une nouvelle structure spécifique et indépendante de ces comités.

Il est composé de membres des comités nationaux, de représentants des organismes de contrôle, de personnalités qualifiées et de représentants de l’administration.

Il a notamment pour missions d’émettre un avis sur l’agrément des organismes de contrôle et de se prononcer sur les plans de contrôle ou d’inspection établis par ces derniers.